Mùa 2 tiếp tục theo chân đội dị nhân anh hùng X-Men khi họ bị chia cắt và mắc kẹt ở nhiều thời đại khác nhau, vừa tìm cách sinh tồn vừa nỗ lực tìm đường trở về nhà. Trong khi đó, tại thập niên 1990, những kẻ thù đầy mưu mô cùng làn sóng bài xích người đột biến ngày càng gia tăng sau sự vắng mặt của X-Men.